das klingt für mich danach, als ob die Datenbanken aus der Tabelle "panel_databases" gelöscht wurden.
Möglich, das die Kunden die Datenbanken im System, sprich in Froxlor und der entsprechenden Tabelle, gelöscht haben, die Datenbank ansich aber nicht gelöscht wurde.
Rein theoretisch müsstest du die Datenbanken wieder in die Übersicht bekommen, wenn du die entsprechenden Einträge in der Tabelle "panel_databases" wieder von Hand herstellst.
Das die Kunden keine neuen Datenbanken mehr anlegen können, weil diese schon existieren liegt wahrscheinlich daran, das der Wert "mysql_lastaccountnumber" in der Tabelle "panel_customers" den falschen Wert hat und der daraus resultierende Datenbankname schon vorhanden ist. Wenn du die Datenbanken wie oben beschrieben wieder herstellst, musst du auch diesen Wert anpassen, auf die nächste freie Nummer (oder irgendeine beliebige weit entfernte Nummer.