Hallo,
leider bekomme ich genau dieselbe Fehlermeldung, ich bin allerdings schon bei 0.9.39.5.
Bei mir ist ebenfalls FCGID eingerichtet.
Eine manuelle Anpassung in der Tabelle hat bei mir ebenfalls geklappt, das LE-Zertifikat wurde erzeugt.
"le_froxlor_enabled" und "le_froxlor_redirect" in der Tabelle "panel_settings", falls jemand anderes auch das Problem haben sollte.
UPDATE: Ich habe das Problem mittlerweile gefunden. Wenn man öfters mal mit verschiedenen PHP-Configs experimentiert und dabei zufällig die PHP-Config mit der ID 2 gelöscht hat, dann will Froxlor beim Speiche