Ich hatte heute das gleiche Problem: Eines der Zertifikate wurde nicht korrekt aktualisiert -> ganze Kiste down, weil Apache nicht mehr hochkam.
Über das acme errorlog ließ sich nur noch herausfinden, dass es wohl Probleme bei der Authorisierung gab:
Darauf folgend dann nur noch:
Auf der Kiste sind über 50 Domains, die alle auf die gleiche Weise im DNS angelegt sind, nur bei dieser einen hatte LE aus irgendeinem Grund Schluckauf und hat mich danach erstmal rausgeschmissen. Ist natürlich ärgerlich, wenn danach nichts mehr geht. Über strace ließ sich leider auch nicht herausfinden, welche Domain jetzt das Problem verursacht hat, aber der Cronjob gab mir den richtigen Tipp, weil er sich wieder an dieser einen Domain festgefahren hat:
Werde den SSL Cronjob nun jede Woche manuell anstoßen, das ist mir ansonsten doch etwas zu wacklig. Auch wenn die Downtime glücklicherweise zur nachtschlafenden Zeit war.