Ich habe es so gelöst:
sed -i 's|^Le_API=.*|Le_API=https://acme-v02.api.letsencrypt.org/directory|g' */*.conf
direkt in /root/.acme.sh
Ich lass gerade den renew durchlaufen und es sieht bisher ganz gut aus. Angefangen hat das mit dem ZeroSSL am 23.05.22, also muss da irgendetwas die Config verändert haben. Fast alle meine Domains waren umgestellt. Find ich ein wenig beunruhigend das acme.sh scheinbar einfach so spezifische configs umschreibt...