Hallo,
ich habe das gleiche Problem und hatte aus Versehen auch schon einen eigenen Thread hier erstellt ...
Bei mir ist es so, dass /root/.acme.sh mitsamt den Domainunterverzeichnissen existiert, in den vhost-Definitionen aber auf /etc/ssl/froxlor-custom/[Domain].crt verwiesen wird.
Das scheint nicht korrekt zu sein? (obwohl das alles bis jetzt problemlos funktioniert)
Auf jeden Fall hat sich durch das Löschen über /root/.acme.sh/acme.sh nichts verändert - der Browser zeigt immer noch die alten Zertifikate.
mfg,
hjt