Selbst wenn man in den .confs der betroffenen und für ein Renewal ausstehenden Domains Le_API wieder auf 'https://acme-v02.api.letsencrypt.org/directory' ändert, macht der acme.sh-Cronjob diese bei seinem nächsten Lauf wieder kaputt.
Momentan scheint also nur zu bleiben, wie df8oe geschrieben hat, den Aufruf für renew manuell mit --server auszuführen oder die Zertifkate Löschen und Neuanlegen zu lassen (bis sie halt das nächste Mal fällig sind und der Fehler in acme.sh noch nicht gefixt sein sollte).